Varianta Omicron vědci odhalili případy nové varianty SARS-CoV-2, což je virus způsobující COVID-19, v řadě zemí. Omicron (B.1.1.529) má nebývale velký počet mutací v části svého genomu, která kóduje klíčovou část jeho spike proteinu, kterou virus používá k infekci hostitelských buněk.
To naznačuje, že Omicron může být schopen vyhnout se části imunitní ochrany poskytované vakcínami, z nichž mnohé jsou založeny na původním spike proteinu, a minulých infekcích.
16. listopadu 2021 bylo v Jižní Africe denně zaznamenáno 136 případů COVID-19. Do 25. listopadu 2021 tento počet vzrostl na více než 1 200.
Více než 80 % těchto případů bylo v hustě osídlené provincii Gauteng, která zahrnuje Johannesburg a Pretorii.
Výzkumníci odhadli, že hodnota R, což je průměrný počet nových případů způsobených každou infekcí, byla pro Jižní Afriku jako celek 1,47.
Pokud je R větší než 1, ohnisko poroste exponenciálně. V provincii Gauteng bylo R 1,93.
Vědci z Centra pro epidemickou odezvu a inovace (CERI) ve Stellenboschi v Jižní Africe se domnívají, že za tato znepokojivá čísla může nová varianta viru známá jako Omicron (B.1.1.529).
V průběhu pandemie byly v Jižní Africe tři předchozí vrcholy infekce, přičemž třetí byl kvůli variantě Delta. Nejnovější nárůst se shoduje s první detekcí Omicron vědci.
Vědci sekvenovali přibližně 100 potvrzených případů infekce Omikronem v Jižní Africe. Většina případů byla v Gautengu.
Nová varianta je také přítomna v Botswaně, Hong Kongu, Evropě, Kanadě, Izraeli a Japonsku.
Informační briefing z Jižní Afriky
Hlavním poselstvím dneška je, že musíte znát nepřítele, abyste mohli bojovat,“ řekl prof. Tulio de Oliveira, Ph.D. , ředitel CERI, na virtuálním zpravodajském briefingu dne 25. listopadu 2021.
Dále řekl, že genom varianty obsahuje „velmi neobvyklou konstelaci mutací“. Mnohé z nich jsou potvrzeny nebo předpovězeny, že buď pomohou viru uniknout imunitnímu systému nebo zvýší jeho přenosnost.
Řekl, že existuje asi 50 mutací v celém genomu viru a více než 30 v části, která kóduje jeho spike protein. To je protein, který umožňuje viru napadnout jeho hostitelské buňky.
Konkrétní část hrotu nazývaná receptor-binding domain (RBD) se váže na receptor tzv ACE2 v membráně lidských buněk.
Profesor Oliveira uvedl, že v rámci nové varianty je mimořádně velký počet změn.
Protilátky, které se vážou na RBD, mohou zabránit viru v infikování buněk. RBD je tedy zásadním cílem pro vakcíny COVID-19 , které provokují imunitní systém k tvorbě protilátek proti konkrétním proteinovým sekvencím.
Beta varianta má tři mutace v RBD části svého genomu a Delta varianta má dvě, řekl prof. Oliveira. Podle Evropského centra pro prevenci a kontrolu nemocí tam však Omicron má 15 mutací.
Mezi vědci panuje obava, že změny způsobené mutacemi mohou zabránit tomu, aby protilátky, které se tvoří vakcinací nebo setkáním se starší variantou viru během infekce, virus neutralizovaly.
Omicron terapeutické protilátky
Dr. Richard Lessells, Ph.D., specialista na infekční onemocnění sídlící v Africkém centru pro zdraví, na tiskové konferenci řekl, že genom Omicronu má několik mutací spojených s odolností vůči neutralizačním protilátkám.
Patří sem nejen protilátky vytvořené vakcinací nebo přirozenou infekcí, ale také terapeutické monoklonální protilátky.
Dr. Lessells řekl, že genom Omicron má také shluk mutací spojených s účinnějším vstupem do hostitelských buněk a zvýšenou přenositelností.
Varianta Omicron má mutaci spojenou s odolností vůči první linii obrany těla proti nově se vyskytujícím patogenům, známé jako vrozený imunitní systém.
Všechny tyto věci nám vzbuzují určité obavy, že tato varianta by mohla mít nejen zvýšenou přenositelnost, efektivněji se šířit, ale mohla by být také schopna obejít části imunitního systému a ochranu, kterou máme v našem imunitním systému.“ řekl.
Zdůraznil však, že kombinovaný účinek mutací není znám. Existuje dokonce možnost, že Omicron může způsobit mírnější příznaky než předchozí varianty.
Skutečně se to dozvíme až provedením studií v laboratoři, práce již probíhají,“ dodal.
Můžeme učinit nějaké předpovědi o dopadu mutací, ale plný význam zůstává nejistý a vakcíny zůstávají kritickým nástrojem, který nás chrání.
Varianta obav
Dne 26. listopadu 2021 se Světová zdravotnická organizace (WHO) označila B.1.1.529 za variantu zájmu a dal jí jméno Omicron (15. písmeno řecké abecedy).
Během několika příštích dní zavedlo několik zemí po celém světě další omezení pro cestující vracející se ze zemí jižní Afriky.
Spekuluje, že se nová varianta Omicron mohla vyvinout u neočkovaného jedince s narušeným imunitním systémem. To by viru poskytlo neobvykle dlouhou dobu na vyvinutí adaptací na lidský imunitní systém.
„Opravdu nepřekvapuje, že se tato varianta nyní popisuje, protože stále máme tolik částí světa s nízkou proočkovaností, což viru dává miliony příležitostí k replikaci a výběru vhodnějších variant.
V současné době máme omezené údaje o tomto viru, ale můžeme se podívat na některé změny proteinů špičky, a na základě toho, co o tomto viru víme, je velmi vhodné mít obavy z úniku imunity a potenciálu této varianty nahradit.“ varianta Delta,“
Během několika příštích týdnů řekl, že kritické otázky, na které by vědci měli odpovědět, budou:
- Jak dobře budou různé vakcíny fungovat proti této variantě?
- Jaký to bude mít dopad na míru reinfekce?
- Rozšířil se již Omicron široce?
- Jaká je relativní zdatnost Omicronu ve srovnání s variantou Delta?
Zvýšená propustnost
Sharon Peacock, ředitelka COVID-19 Genomics UK Consortium a profesorka veřejného zdraví a mikrobiologie na University of Cambridge ve Spojeném království, řekla Science Media Center v Londýně, že několik změn v Omicron je v souladu se zvýšenou přenositelností.
„Jsou přítomny také mutace, které byly spojeny v jiných variantách s imunitním únikem,“ vysvětlila.
„Ale význam mnoha detekovaných mutací a kombinace těchto mutací nejsou známy.“
Zdůraznila, že v současné době neexistují žádné údaje o tom, jakou ochranu poskytnou současné vakcíny proti Omicronu.
„Mezitím by očkování mělo pokračovat rychlým tempem,“ uzavřela.
